为什么测定的结果跟理论的结果有时不完全一致？
1) 因为仪器测定会有一定的误差。
2) 如果测定的结果与理论值约成倍数关系的可能原因是：0.5倍可能是双电荷峰，0.33倍可能是三电荷峰，0.25倍可能是四电荷峰，原因是样品含碱性氨基酸较多；有时还可能为钠盐、钾盐等准分子离子峰。
3) 2倍可能是二聚体，3倍可能是三聚体，原因可能是样品中含有过多的二硫键， 分子之间有强非共价键力。

为什么我的样品非常纯，但在MS图谱上不是只有一个峰？
这是因为在电离化过程中可能会使样品分子损失一些片断，如H₂O、NH₃等而形成碎片离子峰，或者出现样品分子的加合峰，大多情况下带单电荷的准分子离子峰占主要，有时会在主峰一半或两倍的地方有一个小峰，可能是双电荷峰和二聚体峰。对MS谱来说，不是每个峰都能找到其归属。质谱分析仅仅是您整个实验过程中的一个环节，必须配以其它分析手段或根据样品来源来判断、推测分子结构的完整信息。